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11.08.2000 - 

Celera-Gruppe betreibt Hochdurchsatzanalysen

64-Bit-Unix-Cluster entschlüsselt Humangene

MÜNCHEN (CW) - Zu einem großen Teil hat die Entschlüsselung menschlicher Gene auf Compaq-Rechnern stattgefunden. So entschied sich die Celera Genomics Group aus Rockville, Maryland, die private Recherchen im Genome-Projekt betrieb, 1998 nach einem High-Performance-Computing-Benchmark für die Alpha-Maschinen.

Insgesamt stellen die Maschinen der Compaq Computer Corp., Houston, bei Celera 600 Gigaflops bereit. Diese verteilen sich auf 150 Vier-Wege-Server des Typs "ES40", die via 1-Gbit-Ethernet verbunden sind. Die Rechner, mit denen die Gen-Sequenzen errechnet wurden, sind mit den Prozessoren "Alpha 2164 A EV67" ausgestattet und mit 667 Megahertz getaktet.

Für die Sortierung der Erbgut-Informationen bestellte Celera erst in diesem Frühjahr den 16-Wege-Server "GS160", ausgestattet mit 64 GB Hauptspeicher. Hauptsächlich für Netzapplikationen kommen ältere "GS-140"-Rechner zum Einsatz. Die derzeitige Speicherkapazität liegt bei 80 TB, wobei der Bedarf wöchentlich um 20 GB wächst.

Auf allen Alpha-Computern laufen das 64-Bit-Unix "Tru 64" und die Clustering-Software "Tru Cluster". Am Frontend nutzt die Genome-Gruppe zur Hochdurchsatzanalyse der Erbsubstanz 300 Geräte der kalifornischen Firma PE Biosystems, Foster City. Roboter ermöglichen es, viele Proben parallel zu bearbeiten, also die DNS schneller zu entschlüsseln.