Referenziert der Nutzer seine Bilder und verschiebt sie später per Finder in einen anderen Ordner, bekommt Aperture dies mit und passt den Link automatisch an. Nur wenn der Anwender eine Datei manuell umbenennt, geht die Verbindung verloren. Mit einer in Aperture integrierten Suchfunktion lässt sich das Bild aber leicht wieder finden und die Referenzierung erneuern. Eingegebene Metadaten oder Bearbeitungsprofile gehen nicht verloren.
Ist die Originaldatei nicht verfügbar, zum Beispiel weil sie auf einer externen, nicht angeschlossenen Festplatte oder auf einer DVD liegt, ist eine Verwaltung der Bilder trotzdem möglich. Das Tool verwendet dann Vorschaubilder, die in der Datenbank gespeichert werden. Je nach vorhandenem Platz und Rechnerleistung lassen sich Previews in unterschiedlicher Größe und Qualität speichern.
Die Vorschaubilder lassen sich auch zu einem einfachen und schnellen Dateiexport nutzen: Zieht man ein Preview-Bild per Drag & Drop auf den Schreibtisch, erzeugt Aperture automatisch ein Jpeg in der vorgewählten Größe.
Verbessert und erweitert hat Apple auch die Integration in die iLife- und iWork-Applikationen. So lassen sich Bilder direkt aus Aperture an iDVD oder Keynote übergeben, um eine DVD, eine Diaschau oder eine Präsentation zu generieren. Auch auf den iPod können die Bilder gebracht werden - allerdings ist dazu der Umweg über iPhoto und iTunes nötig.